La sobrepesca por encima de su capacidad de reproducción ha conducido a algunas subespecies de túnidos al borde mismo de su extinción. En primer lugar al atún rojo, el más demandado por su extraordinaria calidad y rendimiento. Un pequeño resquicio de esperanza parece havberse abierto con la decisión de la ICCAT (la comisión que teóricamente vela por su conservación) de reducir un 40% las cuotas de capturas en 2010, dejando abierta la puerta a una prohibición total de su pesca si esta medida no da resultados satisfactorios. Las toneladas se reducen de 22.000 a 13.500 y el período de pesca a un solo mes. Aunque el Ministerio español del ramo ha aceptado la reducción de su cuota de 4.116 a 2.523 ton. en aras de garantizar la sostenibilidad, para Greenpeace, WWF u Oceana, la decisión es insuficiente para impedir la extinción del atún rojo. La disminución y eventual extinción de los túnidos no sería solo un problema para la alimentación humana. Por ejemplo, son el mayor depredador de las medusas, por lo que estas están ya proliferando en las costas, afectando al negocio turístico, especialmente en los países mediterráneos.